В районе Нагатинский затон имеется одна станция метрополитена «Коломенская» Замоскворецкой линии и пассажирский Южный речной вокзал (один из двух речных вокзалов города Москвы).
Район Нагатинский затон имеет общие границы с — районом Нагатино-Садовники, Даниловским районом, Южнопортовым районом (Юго-Восточный округ (ЮВАО)), районом Печатники (Юго-Восточный округ (ЮВАО)) и районом Москворечье-Сабурово.
Основными автомобилными магистралями района Нагатинский затон являются — проспект Андропова, улица Новинки, Судостроительная улица, Нагатинская набережная, Кленовый бульвар и Коломенская улица.